Molekulyar modellashdagi yondashuvlardan biri, klassik mexanikadan modelning fizik asoslarini tavsiflash uchun foydalanadi. Atomlar tegishli zaryadlarga ega nuqtaviy massalar bilan ko‘rsatiladi. Yonma-yon atomlar o‘rtasidagi o‘zaro ta’sir, elastik o‘zaro ta’sirni (kimyoviy bog‘lanishlarga mos keladigan) va Lennard-Jons potensiali bilan tavsiflanadigan Van-der-Vaals kuchlarini ichiga oladi. Elektrostatik o‘zaro ta’sir Kulon qonuni bo‘yicha hisoblanadi. Atomlarga fazoda dekart koordinatasi yoki ichki koor-dinatlar beriladi; dinamik hisoblashlarda atomlarga, shuningdek, temperaturaga mos keladigan tezliklar ham berilishi mumkin. Umumlashtiruvchi matematik ifoda potensial funksiya sifatida ma’lum va tizimning ichki energiyasiga – potensial va kinetik energiyalar yig‘indisiga teng bo‘lgan termodinamik kattalikka mos keladi.

Один из подходов в молекулярном моделиро-вании, использующий классическую меха-нику для описания физических основ модели. Атомы  представляются точечными массами с соответствующими зарядами. Взаимодейст-вия между соседними атомами включают упругие взаимодействия (соответствующие химическим связям) и силы Ван-дер-Ваальса, описываемые традиционно потенциалом Леннарда-Джонса. Электростатические взаи-модействия вычисляются по закону Кулона. Атомам в пространстве присваиваются декартовы или внутренние координаты; в динамических расчётах атомам также могут быть присвоены скорости, соответствующие температуре. Обобщающее математическое выражение известно как потенциальная функция и соответствует внутренней энергии системы − термодинамической величине, равной сумме потенциальной и кинетической энергии.

molecular mechanics